Curso Gratis de Desafío de Programación de Ensamblaje del Genoma Ofrecido por Universidad de California en San Diego

El siguiente curso gratuito está dirigido para todas aquellas personas interesadas en aprender sobre la programación en Ensamblador.

Este curso forma parte de un programa especial, siendo este, el último de 6.

Por lo que te dejamos el curso anterior aquí abajo.

Acerca de Programa especializado: Estructuras de datos y algoritmos

La leyenda de la informática Donald Knuth dijo una vez: “No entiendo las cosas a menos que intente programarlas”. También creemos que la mejor manera de aprender un algoritmo es programarlo.

Sin embargo, muchos libros excelentes y cursos en línea sobre algoritmos, que se destacan en la introducción de ideas algorítmicas, aún no han logrado enseñarle cómo implementar algoritmos, la habilidad informática crucial que debe dominar en su próxima entrevista de trabajo.

Intentamos llenar este vacío formando un equipo diverso de instructores que incluye expertos líderes mundiales en algoritmos teóricos y aplicados en UCSD (Daniel Kane, Alexander Kulikov y Pavel Pevzner) y un ex ingeniero de software en Google (Neil Rhodes).

Esta combinación única de habilidades hace que esta especialización sea diferente de otros excelentes MOOC sobre algoritmos que son desarrollados por científicos informáticos teóricos. Si bien estos MOOC se centran en la teoría, nuestra especialización es una combinación de teoría/práctica/aplicaciones algorítmicas con ingeniería de software.

Sobre el Curso (Por la Plataforma)

En la primavera de 2011, miles de personas en Alemania fueron hospitalizadas con una enfermedad mortal que comenzó como una intoxicación alimentaria con diarrea sanguinolenta y que a menudo provocaba insuficiencia renal.

Fue el comienzo del brote más mortífero de la historia reciente, causado por una misteriosa cepa bacteriana a la que nos referiremos como E. coli X.

Pronto, las autoridades alemanas relacionaron el brote con un restaurante en Lübeck, donde casi el 20 % de los clientes habían desarrolló diarrea sanguinolenta en una sola semana.

En este punto, los biólogos sabían que se enfrentaban a un patógeno previamente desconocido y que los métodos tradicionales no serían suficientes: se necesitarían biólogos computacionales para ensamblar y analizar el genoma del patógeno recién surgido.

Para investigar el origen evolutivo y el potencial patógeno de la cepa del brote, los investigadores iniciaron un programa de investigación colaborativo.

Publicaron datos de secuenciación de ADN bacteriano de uno de un paciente, lo que provocó una ráfaga de análisis realizados por biólogos computacionales en cuatro continentes. Incluso usaron GitHub para el proyecto: https://github.com/ehec-outbreak-crowdsourced/BGI-data-analysis/wiki

El brote alemán de 2011 representó un ejemplo temprano de la colaboración de epidemiólogos con biólogos computacionales para detener un brote.

En este curso en línea, seguirá los pasos de los bioinformáticos que investigan el brote mediante el desarrollo de un programa para ensamblar el genoma de E. coli X a partir de millones de subcadenas superpuestas del genoma de E. coli X.

Te Puede Interesar

Habilidades que obtendrás

Estructura de datos
Algoritmos
Diseño de algoritmos
Cuerda (Ciencias de la Computación)

Ofrecido por

Universidad de California en San Diego

UC San Diego es una potencia académica y un motor económico, reconocida como una de las 10 mejores universidades públicas por US News and World Report. La innovación es fundamental para lo que somos y lo que hacemos. Aquí, los estudiantes aprenden que el conocimiento no solo se adquiere en el salón de clases, la vida es su laboratorio.

Programa (Contenido)

El brote europeo de E. coli de 2011

En abril de 2011, cientos de personas en Alemania fueron hospitalizadas con una enfermedad mortal que a menudo comenzaba como una intoxicación alimentaria con diarrea sanguinolenta.

Fue el comienzo del brote más mortífero de la historia reciente, causado por una misteriosa cepa bacteriana a la que nos referiremos como E. coli X. En pocos meses, el brote infectó a miles y mató a 53 personas.

Para evitar una mayor propagación del brote, los biólogos informáticos de todo el mundo tuvieron que responder a la pregunta “¿Cuál es la secuencia del genoma de E. coli X?” para averiguar qué nuevos genes adquirió para volverse patógeno.

El brote alemán de 2011 representó un ejemplo temprano de la colaboración de epidemiólogos con biólogos computacionales para detener un brote.

En este desafío de programación de ensamblaje del genoma, seguirá los pasos de los bioinformáticos que investigan el brote mediante el desarrollo de un programa para ensamblar el genoma de la mortal cepa X de E. coli.

Sin embargo, antes de embarcarse en la construcción de un programa para ensamblar la cepa E. coli X, tenemos que explicarle algunos conceptos genómicos y calentarlo haciéndole resolver un problema más simple de ensamblar un virus pequeño.

Videos: 2

Duración: 11 Minutos

Montaje de genomas utilizando gráficos de Bruijn

El enfoque de secuenciación del ADN que condujo al ensamblaje de un pequeño virus en 1977 pasó por una serie de transformaciones que contribuyeron al surgimiento de la medicina personalizada hace unos años.

A fines de la década de 1980, los biólogos secuenciaban rutinariamente genomas virales que contenían cientos de miles de nucleótidos, pero la idea de secuenciar un genoma bacteriano (y mucho menos el humano) que contenía millones (o incluso miles de millones) de nucleótidos seguía siendo absurda y costaría miles de millones de dólares.

En 1988, a tres biólogos (¡independientemente y simultáneamente!) se les ocurrió una idea para reducir el costo de la secuenciación y propusieron el método futurista y en ese momento completamente inverosímil de matrices de ADN.

Ninguno de estos tres biólogos podría haber imaginado que las implicaciones de su propia investigación experimental eventualmente lo enfrentarían cara a cara con desafiantes problemas algorítmicos.

En este módulo, aprenderá sobre el desafío algorítmico de la secuenciación del ADN utilizando información sobre los k-meros cortos proporcionados por las matrices de ADN.

¡También viajará al siglo XVIII para aprender sobre los puentes de Konigsberg y resolver un problema relacionado con armar un rompecabezas!

Videos: 5

Duración: 24 Minutos

El ensamblaje del genoma se enfrenta a datos de secuenciación reales

Nuestra discusión sobre el ensamblaje del genoma hasta ahora se ha basado en varias suposiciones.

En este módulo, nos enfrentaremos a los desafíos prácticos que presentan las peculiaridades de las tecnologías modernas de secuenciación y analizaremos algunas técnicas algorítmicas que se han ideado para abordar estos desafíos.

Posteriormente, ensamblarás el genoma bacteriano más pequeño que vive simbióticamente dentro de las chicharritas. Su vida protegida le ha permitido reducir su genoma a tan solo unos 112.091 nucleótidos y 137 genes. ¡Y luego, estará listo para ensamblar el genoma de E. coli X!

Videos: 3

Duración: 11 Minutos

Preguntas Frecuentes

¿Cuándo podré acceder a las lecciones y tareas?

El acceso a las clases y las asignaciones depende del tipo de inscripción que tengas. Si tomas un curso en modo de oyente, verás la mayoría de los materiales del curso en forma gratuita. Para acceder a asignaciones calificadas y obtener un certificado, deberás comprar la experiencia de Certificado, ya sea durante o después de participar como oyente. Si no ves la opción de oyente:

Es posible que el curso no ofrezca la opción de participar como oyente. En cambio, puedes intentar con una Prueba gratis o postularte para recibir ayuda económica.
Es posible que el curso ofrezca la opción ‘Curso completo, sin certificado’. Esta opción te permite ver todos los materiales del curso, enviar las evaluaciones requeridas y obtener una calificación final. También significa que no podrás comprar una experiencia de Certificado.

¿Qué recibiré si me suscribo a este Programa especializado?

Cuando te inscribes en un curso, obtienes acceso a todos los cursos que forman parte del Programa especializado y te darán un Certificado cuando completes el trabajo. Se añadirá tu Certificado electrónico a la página Logros. Desde allí, puedes imprimir tu Certificado o añadirlo a tu perfil de LinkedIn. Si solo quieres leer y visualizar el contenido del curso, puedes auditar el curso sin costo.

¿Hay ayuda económica disponible?

Sí. En ciertos programas de aprendizaje, puedes postularte para recibir ayuda económica o una beca en caso de no poder costear los gastos de la tarifa de inscripción. Si hay ayuda económica o becas disponibles para tu selección de programa de aprendizaje, verás un enlace para postularte en la página de descripción.