Las herramientas de línea de comandos son un conjunto de programas informáticos que se ejecutan desde una terminal o línea de comandos, y son ampliamente utilizadas en la ciencia de datos genómicos. Estas herramientas ofrecen una gran flexibilidad y poder en el análisis de datos genéticos y son esenciales para investigadores y científicos de datos.
Entre las herramientas de línea de comandos más populares para la genómica se encuentran:
- SAMtools: es una herramienta para la manipulación y análisis de archivos de alineamiento de secuencias.
- BCFtools: es un conjunto de herramientas para el análisis y manipulación de archivos de variantes genéticas en formato BCF.
- GATK: es una herramienta de análisis de variantes genéticas ampliamente utilizada en la comunidad de genómica.
- BEDTools: es un conjunto de herramientas para la manipulación y análisis de archivos de intervalos genéticos.
- FASTQC: es una herramienta para la evaluación de calidad de los datos de secuenciación.
Además, hay muchas otras herramientas de línea de comandos disponibles para tareas específicas, como la limpieza de datos, la generación de gráficos y la visualización de datos genéticos.
Es importante mencionar que el aprendizaje de estas herramientas y el uso de la línea de comandos son habilidades fundamentales para un científico de datos en genómica y es una buena idea aprenderlas.
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